Парагвайская экспорт-ориентированная экономика зависела от британского капитала и использования портовых мощностей соседней Аргентины, что обусловило значительное влияние и тех, и других на внутренние идеологические споры в стране. В ходе Второй мировой войны Парагвай долго соблюдал нейтралитет, разрываясь между симпатиями к Германии (ввиду заметных по численности немецких общин) и собственным опытом кровавой войны Чако против соседней Боливии (действия армии которой координировали немецкие советники, тогда как парагвайской — русские (из числа белоэмигрантов)). Идеи, схожие с фашистскими и нацистскими, появились в Парагвае уже в конце 1920-х гг., их, в частности, проповедовала Парагвайская национал-социалистическая партия, существовавшая несколько лет в конце 1920-начале 1930-х гг. и популярная среди этнических немцев. Интересно, что в среде антикоммунистически настроенных белоэмигрантов в Парагвае идея возможной поддержки гитлеровской Германии в борьбе против СССР не обрела популярность.

Политический и экономический кризис после Чакской войны также внес свой вклад в формирование прогерманских идей и расширил влияние агрессивно настроенных ветеранов боевых действий. 17 февраля 1936 г. военный переворот (его в Парагвае чаще называют восстанием) принес власть полковнику Рафаэлю Франко. Его кабинет, просуществовавший до 1937 г., пытался, провозгласив лозунг «дисциплины, порядка и труда», решать все проблемы исключительно силовыми методами и нашел в этом поддержку не только в армейских кругах, но и среди немалой части интеллектуалов, считавших Германию и Италию воплощением «порядка» [3]. Симпатизировавшие союзникам политики также не особенно старались опираться на демократические инструменты управления. Президент Хосе Феликс Эстигаррибия (1939–1940 гг.), выступавший за сближение с Вашингтоном, после «самопереворота» в апреле 1940 г. добился на конституционном уровне резкого сокращения полномочий парламента и судебной власти в пользу правительства, а также решительно «вычистил» из кабинета либерально настроенных министров [4]. Этот авторитарный механизм, заложенный в начале Второй мировой войны, активно использовался десятилетиями.

При генерале Ихинио Мориниго, возглавлявшем Парагвай в 1940–1948 гг., давление на левое и либеральное течения лишь усилилось [5], тогда как консерваторы чувствовали себя вольготно, а пронемецкие настроения фактически легитимизировались, отчасти под влиянием соседней Аргентины. Парагвайские власти не поддавались давлению Вашингтона и сохраняли отношения с нацистской Германией и фашистской Италией. Страна стала ключевым пунктом для немецкой разведки (особенно в рамках операции «Боливар»), также как Аргентина, Уругвай и Чили. После японской атаки на Перл-Харбор в декабре 1941 г. формальный нейтралитет Асунсьона закончился и в обмен на обещание экономической и военной помощи (полученные по ленд-лизу средства пошли на развитие инфраструктуры) парагвайские власти в январе 1942 г., наконец, порвали отношения со странами Оси. Войну нацистско-фашистскому альянсу, однако, парагвайцы объявлять не спешили, как и Аргентина. Это состоялось только в феврале 1945 г.; при этом ни один парагвайский военный не был направлен в районы боевых действий. Решение было продиктовано международным давлением и необходимостью адаптации к формирующемуся новому мировому порядку, который, как тогда стало ясно, будет формироваться триумфаторами — Объединенными нациями. Осторожность и лавирование между противоборствующими лагерями отражали определенный прагматизм Асунсьона — далекая географически Германия, которой симпатизировал ряд жителей, не выглядела серьезной угрозой, тогда как США и (в меньшей степени Великобритания) воспринимались в качестве более реальной угрозы суверенитету страны.
Даже войдя формально в число противников Оси, Парагвай оказался страной, где нашли прибежище многие нацистские преступники. Хотя большинство немецких мигрантов в Парагвае достаточно быстро отказались от идеологии нацизма, многие из них помогали нацистским беглецам, предоставляя им убежище и работу. Целый ряд бывших высокопоставленных нацистов прожил в Парагвае несколько лет, а то и весь остаток жизни, в том числе печально знаменитый Йозеф Менгеле [6]. Утверждалось, что в Парагвае скрылся и ближайший соратник Гитлера Мартин Борман [7], но эта версия не нашла окончательного документального подтверждения.