Отдельным направлением взаимодействия между участниками альянса является ряд структур по обеспечению оперативной совместимости (интероперабельности) вооруженных сил, а также координации политики в военно-технической сфере и оборонных исследованиях:

• Совет по оперативной совместимости ВВС государств — участников альянса Five Eyes (Five Eyes Air Force Interoperability Council — AFIC), в составе представителей ВВС и авиации ВМС национальных вооруженных сил.
• Организация по оперативной совместимости ВМС государств — участников альянса Five Eyes — AUSCANNZUKUS, в сфере командования, управления, связи, вычислительной техники (C4) и обеспечения технической интероперабельности.
• Программа ABCA Armies (American, British, Canadian, Australian and New Zealand Armies' Program) — программа оптимизации оперативной совместимости и стандартизации обучения и снаряжения сухопутных сил участников альянса, а также Корпуса морской пехоты США и Королевской морской пехоты ВС Великобритании (Royal Marines).
• Ежегодные учения вооруженных сил членов альянса по отработке взаимодействия новых типов вооружения и технологий при ведении боевых действий в условиях городской среды «Contested Urban Environment Field Exercise» (CUE), проводимые с 2017 г. (в ноябре 2017 г. они прошли в Австралии (в Аделаиде), впоследствии проводились в сентябре 2018 г. в Канаде (Монреаль), в июле 2019 г. в США (Нью-Йорк), в 2021 г. в Великобритании (Портсмут)).
• Объединенный совет по коммуникациям и электронике (Combined Communications-Electronics Board, CCEB), координирующий вопросы оперативной совместимости вооруженных сил альянса в сегменте телекоммуникационных систем;
• Программа организации технического сотрудничества (Technical Cooperation Program, TTCP) — для координации сотрудничества членов альянса в области исследований и разработок по тематике обороны и безопасности с 11 профильными группами/секциями (по состоянию на 2009 г.) по следующим технологическим сегментам: аэрокосмические системы; системы химической, биологической и радиологической защиты (CBR); обычные вооружения; системы управления, управления, связи и информационных систем (C3I); системы радиоэлектронной борьбы; управление персоналом; анализ систем (JSA); наземные системы ВВиСТ; морские системы ВВиСТ; перспективные материалы и технологии обработки; функциональные датчики. В рамках программы технического сотрудничества TTCP 16–17 октября 2023 г. в г. Пало-Альто (штат Калифорния) ФБР США был проведен первый саммит разведслужб альянса Five Eyes по вопросам безопасности новых технологий и инноваций, с участием профильных правительственных ведомств и ведущих IT-компаний.

Развитие технологий искусственного интеллекта, а также совершенствование технологий шифрования затрудняют мониторинг и обмен разведданными, а также проверку подлинности информации, что становится вызовом для альянса Five Eyes. В данной связи участниками альянса Five Eyes имеющаяся разведывательная инфраструктура и ресурсы все чаще и системнее используются для обхода являвшихся незыблемыми столпами «западной демократии и свободы» принципов неприкосновенности частной жизни граждан и соответствующих внутренних законов в части неподнадзорности данных пользователей коммуникационных сетей. Также отмечается практика использования для внутреннего слежения ресурсов прочих участников альянса, как правило, США. К примеру, Великобритания для обхода внутренних законов при слежении за гражданами пользуется услугами АНБ США — согласно данным документов, раскрытых Эдвардом Сноуденом, обнародованных в ноябре 2013 г. британской газетой The Guardian и телеканалом Channel 4, АНБ США в рамках заключенного в 2007 г. секретного соглашения с Великобританией (Центром правительственной связи GCHQ) велось наблюдение за британскими гражданами и осуществлялся перехват пользовательских метаданных — телефонных переговоров и интернет-трафика.
Одной из распространенных и часто используемых мер по контролю за трафиком является ограничение на использование VPN-сервисов или их полный запрет. Как отмечается зарубежными исследователями, практически все VPN-провайдеры, базирующиеся в странах — членах альянса Five Eyes, государствах-партнерах и участниках коалиции 14 Eyes передают информацию о подключающихся пользователях национальным правительствам/спецслужбам с последующим вероятным предоставлением прочим государствам-участникам.

В аналогичном контексте модифицируется национальная нормативно-законодательная база государств — участников альянса. К примеру, в США в дополнение к расширенным после терактов 11 сентября 2001 г. полномочиям АНБ по отслеживанию телефонных звонков и трафика интернет-данных, Сенатом США в 2017 г. одобрен закон разрешающий интернет-провайдерам собирать пользовательские данные без их согласия и передавать их спецслужбам. В ноябре 2016 г. Великобритания приняла «Закон о следственных полномочиях» (Investigatory Powers Act — IPA / Data Retention and Investigatory Powers Act 2014 — DRIP, также известный как «Хартия шпионажа» — Snooper’s Charter),предоставляющий правительству исключительные полномочия по надзору, с расширением полномочий полиции, профильных гоструктур и спецслужб, с введением дополнительных требований к «поставщикам услуг связи» в части хранения пользовательских данных в течение двух лет, к которым без ордера могут получить доступ государственные учреждения. Австралией в 2015 г. были приняты поправки к закону о телекоммуникациях (Telecommunications Access and Assistance Bill), согласно которыминтернет-провайдеры обязываются хранить метаданные пользователей (включая имена и адреса владельцев учетных записей; дату, время и продолжительность коммуникаций; данные о получателях сообщений; расположение оборудования, используемого для связи, включая вышки сотовой связи и точки доступа Wi-Fi и пр.) не менее двух лет, а также обязаны предоставлять полиции доступ к зашифрованным данным пользователей IT-сервисов.
Контроль над аффилированными лицами крупнейших мировых IT-компаний — Google, Apple, Facebook* и X (ранее Twitter), обладающих почти глобальной монополией на мировом рынке, обеспечивает разведслужбам альянса Five Eyes контроль за всемирным телекоммуникационным трафиком и технологическими рынками.

Согласно данным зарубежных источников, только в рамках программы PRISM спецслужбы США имели прямой доступ к серверам девяти крупнейших поставщиков онлайн-услуг: Microsoft, Apple, Yahoo, Google, Facebook, AOL, Paltalk, Skype и YouTube. В 2015 г. Apple, Google, Microsoft, Facebook и другие IT-компании обратились с открытым письмом к Конгрессу США, в котором протестовали против избыточных, по их мнению, полномочий спецслужб, а в мае 2019 г. более 40 компаний, включая Microsoft, Apple и Google, а также организаций, занимающихся вопросами безопасности, осудили предложение британского Центра правительственной связи (GCHQ) обязать органы правопорядка мониторить (через бэкдоры) зашифрованные звонки, сообщения и чаты.

В 2018 г. государства — члены альянса Five Eyes выступили с призывом к крупнейшим IT-компании (включая VPN-провайдеров) предоставить правоохранительным органам средства (бэкдоры) для доступа к информации, защищенной сквозным шифрованием, создающей «серьезные риски для общественной безопасности», поскольку «полностью исключает любой законный доступ к контенту». Данное требование также актуализировалось на саммите по безопасности альянса Five Eyes 2019 г. (’Five Eyes’ Security Summit 2019), где отмечалось, что технологические компании должны включать в разработку своих зашифрованных продуктов и услуг механизмы, с помощью которых правительства, действуя с соответствующими юридическими полномочиями, могут получать доступ к данным в удобочитаемом и пригодном для использования формате.

В 2020 г. члены альянса Five Eyes, а также Индия и Япония выступили с меморандумом, в котором призвали IT-компании предоставить правоохранительным органам средства (бэкдоры) для доступа к информации защищенной сквозным шифрованием, создающей «серьезные риски для общественной безопасности», поскольку «полностью исключает любой законный доступ к контенту». При этом обозначалась вероятность принятия в отношении провайдеров санкционных мер технологического, законодательного и правоприменительного характера для обеспечения доступа к запрашиваемой информации и при препятствовании либо ограничении доступа госструктур к ресурсам и данным пользователей.
Как отмечается независимыми зарубежными исследователями, принятие подобных законодательных и нормативных актов создает «правовую основу… которая узаконит теневую деятельность государственных органов посредством приостановления [действия] конституционных положений и прав … во имя защиты национальной безопасности или национальных интересов».