Духовным лидером ДИ до своего ареста в 2011 г. считался основатель организации патриарх индонезийского салафитского экстремизма
Абу Бакар Баашир. В 1972 г. вместе с
Абдулахом Сунгка он основал религиозную школу Песантрен аль-Мукмин, в которой проповедовал идеи салафитского ислама и политического экстремизма в духе движения «Даруль Ислам», членом которого он состоял. Многие выпускники этой школы впоследствии пополнили ряды ДИ, которая была создана А. Бааширом в начале 1990-х гг. в бытность его вынужденной ссылки в Малайзии. Когда он возвратился в Индонезию после падения режима Х. Сухарто, то включился в джихад. А. Баашир был обвинен в организации взрыва гостиницы «Мариотт» в Джакарте в 2005 г., но пробыл в тюрьме всего полтора года и по освобождению в 2009 г. основал новую экстремистскую организацию —
Джамаах Аншарут Таухид (Jamaah Ansharut Tauhid) (ДЖАТ). Затем он вновь был осужден по обвинению в организации джихадистского военного лагеря в Аче в 2011 г. В настоящий момент он отбывает 15-летний срок наказания, что не помешало ему передать из тюрьмы видеообращение, в котором он присягнул на верность ИГ.
До своего ареста в 2003 г. в Таиланде влиятельной фигурой в составе руководства ДИ был
Ридуан Исамудин, известный как Хамбали, который признан ответственным за осуществление боевых операций и планирование крупных терактов. Он прошел военную подготовку в Афганистане, где в 1980-х гг. сражался на стороне моджахедов. Через него поддерживалась связь с Аль-Каидой, оперативным руководителем которой по Восточной Азии он являлся. В его обязанность также входило распределение поступающих от неё финансов. Сейчас он находится в тюрьме в Гуантанамо.
Большинство руководителей ДИ были или захвачены, или убиты антитеррористической командой Индонезии Detachment 88. В 2007 г. был арестован
Заркасих, который после ареста
Хамбали был назначен эмиром ДИ. В её иерархическую верхушку также входили наиболее разыскиваемые террористы в Юго-Восточной Азии —
Азхари Хусин (был убит в ходе столкновения с полицией в 2005 г.) и
Мухамед Ноордин Топ (убит в 2009 г.), оба родом из Малайзии. А. Хусин, по профессии инженер, получивший образование в Великобритании, был главным экспертом по производству взрывных устройств. М. Топ, бывший бухгалтер, стоял за терактами в Джакарте в 2003-2004 гг. и на Бали в 2005 г. Несколько бывших лидеров ДИ, такие как малазийский экстремист и ветеран войны в Афганистане
Назир Аббас, отказались от насилия и даже стали оказывать содействие властям Индонезии и Малайзии в поимке террористов.